Lo recaudado por la emisión de la estampilla “pro Universidad de la Amazonia” se destinará al mantenimiento y/o ampliación de la planta física, al igual que para la adecuación de esta con destino al establecimiento de centros de investigación y programas de pregrado y postgrado; financiamiento de programas específicos que tiendan a elevar el nivel científico de la Universidad; compra de materiales, equipos de laboratorio y dotación de bibliotecas; programas de desarrollo educativo en la región Amazónica; financiamiento de programas de pregrado y postgrado, teniendo en cuenta los retos de cobertura en educación superior y la capacidad de pago de los demandantes, según las directrices establecidas por el Consejo Superior de la Universidad de la Amazonia; adquisición de bibliografía y publicaciones, así como para financiar la publicación de estudios e investigaciones propios de la Universidad.